Évaluation de la variation cis-régulatrice du transcriptome prostatique humain

Évaluation de la variation cis-régulatrice du transcriptome prostatique humain

L’identification de la variation régulatrice agissant en cis dans les tissus primaires a le potentiel d’élucider la base génétique des traits complexes et de mieux comprendre la diversité transcriptomique à travers les types de cellules. L’analyse d’association de locus de caractères quantitatifs d’expression (eQTL) utilisant des données de séquençage d’ARN (ARN-seq) peut améliorer la détection de la variation régulatrice agissant en cis en utilisant des modèles d’expression spécifique d’allèle (ASE) dans l’analyse d’association.

Nicholas Larson, M.S., Ph.D.

Les chercheurs de la Mayo Clinic, premier auteur Nicholas Larson, M.S., Ph.D., ont effectué une évaluation complète des eQTL agissant en cis en analysant les données d’expression génique RNA-seq et les génotypes de haute densité à l’échelle du génome. Publié dans le American Journal of Human Genetics, l’étude examine les propriétés des cis-eQTL détectés dans le contexte des gènes préférentiellement exprimés dans le tissu de la prostate, ainsi que leur relation avec les éléments régulateurs spécifiques de la prostate.

L’étude a examiné 471 échantillons de tissu prostatique primaire normal. En utilisant des modèles statistiques qui intègrent l’information ASE, les chercheurs Mayo Clinic ont identifié des cis-eQTL étendues à travers le transcriptome de la prostate et ont trouvé qu’environ 70% des gènes exprimés correspondaient à un eQTL significatif à un taux de découverte de faux de 0,05.

Dans l’ensemble, les cis-eQTL étaient fortement concentrés près des sites de début et de fin de la transcription des gènes affectés, et les effets étaient corrélés négativement avec la distance. Plusieurs instances de corégulation agissant en cis ont été identifiées en utilisant des données de génotype en phase et 233 SNP ont été découverts comme étant les eQTL les plus fortement associés pour plus d’un gène. Les chercheurs ont également noté un enrichissement significatif des SNP à risque de cancer de la prostate signalés précédemment dans les eQTL de la prostate.

Ces résultats indiquent l’avantage d’évaluer les données ASE dans les analyses cis-eQTL en montrant une meilleure reproductibilité des résultats eQTL antérieurs que de la cartographie eQTL basée sur l’expression totale seule. En outre, ces résultats seront utiles pour guider les études examinant la maladie de la prostate humaine. | ​​N |

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